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Réf : xwq39cj79p
Published on 18/12/2023

LIDEA - Spécialiste Recherche Pangénomique

CSD (18 months) - 2 400 / 2 900 € (Mensuel)

Mondonville - Occitanie - France

Presentation of the company

ERA Bio-IT est un GIE regroupant deux acteurs français majeurs dans le secteur des semences de grandes cultures (Lidea et RAGT) et un institut technique impliqué dans le conseil variétal et l’appui à la sélection (ARVALIS-Institut du végétal).

L’objectif de ce consortium est de mutualiser les ressources informatiques et scientifiques sous forme d’une plate-forme bioinformatique pour l’exploitation et l’analyse de données génomiques principalement pour les cultures de maïs et de blé.

Job Description

L’ingénieur(e) interviendra dans le cadre d’un projet de valorisation des collections génomiques de Zea mays visant à compléter les méthodes traditionnelles de génomique comparative pour l’amélioration variétale avec de nouvelles approches pangénomiques. L’ingénieur(e) sera amené(e) à définir les besoins en pangénomique des partenaires d’ERA et à étendre les capacités de la plateforme dans ce domaine, notamment par le développement de prototype de construction, d’analyse et/ou de visualisation de pangénome. L’ingénieur(e) apportera aussi un appui ponctuel à la responsable de plateforme bio-informatique dans le cadre de ses missions d’administration technique et informatique.

Missions

• Établir les besoins des utilisateurs en analyse pangénomique

• Définir le cahier des charges

• Assurer une veille bibliographique sur la pangénomique végétale

• Développer un prototype de l’outil final

• Rédaction de la documentation technique et fonctionnelle

• Effectuer les opérations de maintenance nécessaire au bon fonctionnement de la plateforme

Required profile

Le profil recherché est celui d’un(e) ingénieur(e) d’étude (bac+5) en bio-informatique spécialisé(e) en génomique, ayant un intérêt particulier pour la génomique végétale et la pangénomique.

Elle/il devra également s’intéresser au traitement de données de séquençage et à la génomique appliquée à l’amélioration variétale des plantes cultivées.

Une bonne disposition à la communication scientifique orale comme écrite (français et anglais) est nécessaire.