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Réf : 1046
Published on 09/11/2022

Stage en analyse de la diversité génétique H/F

Traineeship (6 months)

Mondonville - Occitanie - France

Presentation of the company

Dans le top 10 des semenciers mondiaux Grandes Cultures, LIDEA maîtrise l'ensemble de la chaîne de valeur de la sélection, la production des semences au champ jusqu’à la commercialisation des produits finis. 

LIDEA conçoit et propose des solutions innovantes, personnalisées et durables de semences multi espèces (maïs, tournesol, céréales à paille, colza, fourragères et couverts végétaux, soja, sorgho, légumes secs) et multimarques qui créent de la valeur ajoutée pour les producteurs tout au long de l’année.

Avec un chiffre d'affaires de 350 millions d'euros, et plus de 30 millions d'euros consacrés chaque année aux investissements industriels et R&D, LIDEA possède une vision durable et respectueuse pour accompagner aujourd’hui l’agriculture de demain.

Rejoindre LIDEA, c’est l’opportunité d’évoluer au sein d’une équipe dynamique et innovante avec des valeurs humaines fortes.

LIDEA fait germer les talents !  


Job Description

Contexte:

Les hybrides commerciaux de Colza et de Sorgho sont le résultat d’une longue recherche

menée par les équipes de sélection. Pour créer ces hybrides, les sélectionneurs doivent

identifier les meilleures combinaisons entre lignées élites. Pour choisir ces parents, l’Aptitude

Générale à la Combinaison (AGC) et l’Aptitude Spécifique à la Combinaison (ASC) doivent être

prises en compte.

Dans ce stage, nous chercherons à comprendre l’influence de la structuration et de la diversité

génétique dans l’évaluation des AGC et ASC au sein des germplasms Colza et Sorgho.

Ces résultats mèneront à la mise en place d’une meilleure stratégie de croisements pour évaluer

et créer les futurs hybrides Sorgho et Colza LIDEA.


Missions du stagiaire:

1/ Analyses phénotypiques: description de l’ASC et AGC dans les dispositifs expérimentaux

Sorgho et Colza.

 Compréhension du jeu de données

 Construction des modèles statistiques (d’après Larièpe et al. 2016 ou autre biblio

pertinente)

2/ Analyses génotypiques: Evolution de la diversité des lignées parentales Sorgho et Colza

 Construction de cohorts en fonction du temps

 Diversité génétique: Distances, F-stat

3/ Analyse de la structuration génétique:

 Clustering selon distances

 Clustering selon Structuration (Admixture, Structure, autre)

 Choix de plusieurs scénarii de Structuration

4/ Analyse des effets de la structuration génétique sur l’AGC et l’ASC pour les jeux de données

Sorgho et Colza

Required profile

  • Etudiant en M2  ou 5eme année école ingénieur Agri.
  • Bases en agronomie, génétique quantitative et programmation R
  • Anglais indispensable
  • Modélisation statistique
  • Curiosité scientifique
  • Esprit de synthèse

Other information

Compétences travaillées:

  • Génétique quantitative
  • Diversité génétique
  • Schéma de sélection
  • Script R
  • Modèles statistiques
  • Gestion de gros jeux de données
  • Curiosité scientifique
  • Esprit de synthèse