Stage en analyse de la diversité génétique H/F
Traineeship (6 months)
Presentation of the company
Dans le top 10 des semenciers mondiaux Grandes Cultures, LIDEA maîtrise l'ensemble de la chaîne de valeur de la sélection, la production des semences au champ jusqu’à la commercialisation des produits finis.
LIDEA conçoit et propose des solutions innovantes, personnalisées et durables de semences multi espèces (maïs, tournesol, céréales à paille, colza, fourragères et couverts végétaux, soja, sorgho, légumes secs) et multimarques qui créent de la valeur ajoutée pour les producteurs tout au long de l’année.
Avec un chiffre d'affaires de 350 millions d'euros, et plus de 30 millions d'euros consacrés chaque année aux investissements industriels et R&D, LIDEA possède une vision durable et respectueuse pour accompagner aujourd’hui l’agriculture de demain.
Rejoindre LIDEA, c’est l’opportunité d’évoluer au sein d’une équipe dynamique et innovante avec des valeurs humaines fortes.
LIDEA fait germer les talents !
Job Description
Contexte:
Les hybrides commerciaux de Colza et de Sorgho sont le résultat d’une longue recherche
menée par les équipes de sélection. Pour créer ces hybrides, les sélectionneurs doivent
identifier les meilleures combinaisons entre lignées élites. Pour choisir ces parents, l’Aptitude
Générale à la Combinaison (AGC) et l’Aptitude Spécifique à la Combinaison (ASC) doivent être
prises en compte.
Dans ce stage, nous chercherons à comprendre l’influence de la structuration et de la diversité
génétique dans l’évaluation des AGC et ASC au sein des germplasms Colza et Sorgho.
Ces résultats mèneront à la mise en place d’une meilleure stratégie de croisements pour évaluer
et créer les futurs hybrides Sorgho et Colza LIDEA.
Missions du stagiaire:
1/ Analyses phénotypiques: description de l’ASC et AGC dans les dispositifs expérimentaux
Sorgho et Colza.
Compréhension du jeu de données
Construction des modèles statistiques (d’après Larièpe et al. 2016 ou autre biblio
pertinente)
2/ Analyses génotypiques: Evolution de la diversité des lignées parentales Sorgho et Colza
Construction de cohorts en fonction du temps
Diversité génétique: Distances, F-stat
3/ Analyse de la structuration génétique:
Clustering selon distances
Clustering selon Structuration (Admixture, Structure, autre)
Choix de plusieurs scénarii de Structuration
4/ Analyse des effets de la structuration génétique sur l’AGC et l’ASC pour les jeux de données
Sorgho et Colza
Required profile
- Etudiant en M2 ou 5eme année école ingénieur Agri.
- Bases en agronomie, génétique quantitative et programmation R
- Anglais indispensable
- Modélisation statistique
- Curiosité scientifique
- Esprit de synthèse
Other information
Compétences travaillées:
- Génétique quantitative
- Diversité génétique
- Schéma de sélection
- Script R
- Modèles statistiques
- Gestion de gros jeux de données
- Curiosité scientifique
- Esprit de synthèse
