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Réf : 1097
Published on 09/11/2022

Stage en Diversité génétique H/F

Traineeship (6 months)

Mondonville - Occitanie - France

Presentation of the company

Dans le top 10 des semenciers mondiaux Grandes Cultures, LIDEA maîtrise l'ensemble de la chaîne de valeur de la sélection, la production des semences au champ jusqu’à la commercialisation des produits finis. 

LIDEA conçoit et propose des solutions innovantes, personnalisées et durables de semences multi espèces (maïs, tournesol, céréales à paille, colza, fourragères et couverts végétaux, soja, sorgho, légumes secs) et multimarques qui créent de la valeur ajoutée pour les producteurs tout au long de l’année.

Avec un chiffre d'affaires de 350 millions d'euros, et plus de 30 millions d'euros consacrés chaque année aux investissements industriels et R&D, LIDEA possède une vision durable et respectueuse pour accompagner aujourd’hui l’agriculture de demain.

Rejoindre LIDEA, c’est l’opportunité d’évoluer au sein d’une équipe dynamique et innovante avec des valeurs humaines fortes.

LIDEA fait germer les talents !  

Job Description

L’amélioration des performances et la stabilité en rendement des hybrides commerciaux de maïs sont l'œuvre du long travail de sélection effectué par les sélectionneurs depuis de nombreuses années. 

Les fréquences alléliques du germplasm travaillé ont donc été modifiées directement et indirectement par le processus de sélection. Dans le temps, l’utilisation d’un germplasm fermé, i.e sans apport de nouvelle diversité peut entraîner la fixation d’allèles et donc limiter le potentiel génétique du matériel en sélection. Cependant, cette constatation doit être modérée car l’hétérosis et les réalités complexes des schémas hétérotiques sont également à prendre en compte dans le management de la diversité d’un programme de sélection.

Les apports des marqueurs moléculaires et de la génétique quantitative permettent de nos jours aux sélectionneurs de mieux comprendre le contrôle génétique des caractères recherchés. Ces nouveaux outils peuvent aussi être utilisés pour construire des indicateurs permettant de mieux gérer la diversité génétique dans un contexte de programme de sélection. 

Ce stage utilisera les données d’un set de lignées de maïs sur plusieurs générations de nos programmes de sélection afin d’étudier les changements de fréquences allélique dû à la sélection. Comme délivrable de ce projet, des indicateurs seront proposés, permettant de gérer la diversité (introduction, maintien, diminution) tout au long d’un programme de sélection. Une étude de la transférabilité de ces indicateurs à d’autres espèces sera également demandée.

Missions:

  • Bibliographie et implémentation des indicateurs de diversité jugés pertinents

  • Produire ces indicateurs sur les datasets de lignées maïs (dans le temps et par groupe génétique)

  • Interpréter ces indicateurs afin d’expliquer comment la sélection a modifier la diversité génétique de départ 

  • Proposer une routine de management de la diversité dans un programme de sélection Maïs et évaluer la faisabilité du transfert de cette méthode dans d’autres espèces travaillées chez LIDEA. 

Compétences et notions travaillées durant le stage:

  • Génétique quantitative: déséquilibre de liaison, GWAS. Diversité génétique: fréquence allélique, F-stat, autres indicateurs. Germplasm historique Maïs

  • Interaction avec plusieurs équipes aux domaines de compétences variés: sélection, diversité génétique, génétique quantitative, statistique, script informatique

Required profile

Etudiant en Master2 ou césure ou dernière année d’école ingénieur Agro avec des connaissances de bases en agronomie, génétique quantitative et programmation R 

Fort intérêt pour la diversité génétique et les schémas de sélection. Anglais nécessaire